En las primeras carreras de la temporada, el F60 demuestra no ser tan rápido como aparentaba en la pretemporada. Después de completar las tres primeras carreras sin un solo punto, en uno de los peores inicios de campeonato de Ferrari, desde 1981, el coche consigue puntuar en la cuarta carrera en Baréin. A partir de ahí, el F60 evoluciona y mejora sus prestaciones, logrando un podio en Mónaco con Kimi Räikkönen y el cuarto puesto y la vuelta rápida de Felipe Massa. Massa, que sumó cinco carreras consecutivas puntuando desde Gran Premio de España hasta el Gran Premio de Alemania, consiguió el segundo podio del año para Ferrari en esta última carrera, haciendo que el equipo italiano se sitúe tercero en la clasificación de constructores. En el siguiente Gran Premio, en Hungría, el piloto brasileño sufrió un fuerte accidente durante la clasificación que le impidió participar en la carrera. Sin embargo, su compañero Kimi Räikkönen logró un emotivo podio al acabar segundo en la carrera y encaramó a su equipo al tercer puesto de la clasificación. En el Gran Premio de Europa, Räikkönen logra el cuarto podio del año para el equipo, mientras que Luca Badoer (el sustituto de Massa) completa un fin de semana decepcionante. En el siguiente Gran Premio, en Bélgica, Kimi consigue la primera victoria del año para Ferrari. En el Gran Premio de Italia, Giancarlo Fisichella ocupa el sitio de Badoer tras su pobre rendimiento. Pese a mejorar las prestaciones de su predecesor, Fischella tampoco logró puntuar, con lo que Ferrari acabó perdiendo el tercer puesto del campeonato de constructores pese a las grandes prestaciones de Räikkönen con un coche que dejó de evolucionar a comienzos de agosto de 2009, cuando Ferrari se concentró en el F10. El F60 ganó su primera y única carrera a manos de Räikkönen en el Gran Premio de Bélgica, después de haber empezado sexto en la parrilla de salida.​